税務・会計・労務コラムあがたinsight

　令和7年11月19日、所得税法施行令の一部を改正する政令が公布され、マイカーや自転車などを使用する従業員に支給する通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。

　今回の改正は、令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当に遡及適用されます。同日以後に通勤手当を支給しており、改正前の限度額に基づいて課税処理を行っている場合、年末調整にて精算が必要となります。

　今回は、改正の概要と、これに伴う実務対応について解説いたします。

１．改正の概要：非課税限度額がいくら変わったのか？

　自動車・自転車等の交通用具を使用している人の、1か月当たりの非課税限度額が以下の通り引き上げられました 。

※「交通機関又は有料道路を利用している人に支給する通勤手当」等については、最高限度額（150,000円）に変更はありません。

２．適用時期と「4月1日以後」の判定基準

　今回の改正は、「令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当」について適用されます。「支払われるべき日」とは、支給日が定められている場合はその「支給日」を指します。

【判定の具体例】

・3月分の通勤手当を 4月10日 に支給した場合

⇒支給日が4月1日以後のため、「新限度額」が適用されます。

・4月分の通勤手当を 3月10日 に支給した場合

⇒支給日が3月31日以前のため、「旧限度額」が適用されます（遡及適用の対象外）。

３．年末調整での精算（遡及対応）の手順

　改正前の「旧限度額」で課税処理（源泉徴収）された通勤手当については、年末調整で差額を精算します。個別の月ごとに給与計算をやり直す必要はありません。

　年末調整で精算が必要となるケースは、すでに支払われた通勤手当が、「旧限度額」を超えており、その結果「新限度額」により非課税限度額が増える場合です。もともと通勤手当の支給額が「旧限度額」以下だった場合は、精算手続きは不要です。

　また、通勤距離が片道10km未満の場合の非課税限度額は変わらないため、この場合も精算手続きは不要です。

【具体的な計算手順】

＜例＞

・通勤距離：片道50km（自動車通勤）

・通勤手当支給額：月額 30,000円

・支給期間：令和7年4月〜11月（8か月分）を旧基準で処理済み

（１）課税扱いとなっていた金額を確認する

・旧限度額（片道50km）：28,000円

・毎月の課税対象額：30,000円 − 28,000円 ＝ 2,000円（これが課税扱いとなっていた）

（２）新限度額で再判定する

・新限度額（片道50km）：32,300円

・支給額30,000円 ＜ 新限度額32,300円

⇒全額が「非課税」となります。したがって、これまで課税されていた2,000円は非課税に変更となります。

（３）「非課税となる通勤手当」の総額を算出する

・2,000円 × 8か月（4月〜11月分） ＝ 16,000円

⇒この16,000円が、今回の改正で遡って「非課税」となる金額です。

（４）源泉徴収簿（または年調システム）へ反映する

　年末調整の計算において、年間の給与総額（給料・手当等）から、上記で計算した16,000円をマイナスします。

　なお、国税庁の源泉徴収簿の記載例では、「新たに非課税となった部分の金額・計算根拠を余白に記載」とされていますが、正しく年調年税額が算出されているのであれば、この記載は省略しても差し支えないことが国税庁のQ&Aに示されています。

４．よくあるご質問

Q. 退職者への対応はどうすればよいですか？

A. すでに退職した方で、新限度額の適用により非課税となる金額が発生する場合、源泉徴収票の再交付が必要です。「支払金額」を訂正（減額）し、摘要欄に「再交付」と記載して再度交付してください。年末調整の際に精算する機会のない退職者においては、ご自身で確定申告により精算を行っていただくことになります。

Q. 12月に差額を追加支給する場合の扱いは？

A. 例えば、4月〜11月分の（すでに支給した額と新限度額との）差額を計算し、12月給与で差額分を追加支給する場合、すでに支給した額と追加支給額との合計額が新限度額内であれば全額非課税となります。この場合、年末調整での精算は不要です。

Q. 年の途中で死亡・海外転勤（非居住者）となった場合は？

A. 死亡退職や海外転勤により年末調整をすでに行っている場合でも、旧限度額を超えて課税されていた分があれば、新限度額に基づいて年末調整の再計算を行う必要があります。

５．実務対応チェックリスト

　本格的な年末調整業務に入る前に、以下の点をご確認ください。

・自社の通勤手当の規定と、対象となる従業員（マイカー通勤者等）のリストアップ

・4月以降に支給した通勤手当額と、新・旧限度額の照合

・給与計算システムの設定変更（次回支給分からの新限度額適用）

・年末調整システムでの「減額処理」の方法確認（マイナス入力欄の有無など）

・中途入社の従業員の方の前職分の源泉徴収票について再提出の要否を確認

６．おわりに

　今回の改正は、遡及適用が含まれるため多少複雑ですが、従業員の方の税負担軽減につながる重要な変更です。

　ご不明な点がございましたら、お気軽にお問い合わせください。